Tout projet réalisé sur BoA est sauvegardé sous forme d'un ou plusieurs fichiers de type BoA. Le format de fichier peut varier d'une version de BoA à la suivante, ou d'une mise à jour à la suivante. Chaque version de BoA est capable de lire des fichiers écrits avec une version plus ancienne, y compris les fichiers écrits avec la toute première version BoA 1.0. Par ailleurs une ancienne version de BoA est toujours en mesure de lire un fichier écrit avec une version plus récente. Cette situation peut se produire si un utilisateur n'ayant pas encore mis en place une mise à jour de BoA reçoit un fichier provenant d'un autre utilisateur utilisant la dernière version de BoA disponible. Dans ce genre de situation la lecture d'un fichier plus récent que la version de BoA utilisée pour le lire peut être incomplète. Par exemple BoA 3.0 chargera un fichier écrit par BoA 4.3 sans tenir compte des fichiers PDF qui y sont référencés.
Les formats DXF et DWG servent de standard d'échange par défaut pour les échanges de fichier entre les différents logiciels de CAO. Ces formats sont fréquemment modifiés, donnant lieu à l'existence de plusieurs variantes de DXF et DWG . Les versions successives de BoA contiennent toutes des fonctions d'import et d'export aux formats DXF et DWG. Pour BoA 4.3, la version actuelle de BoA, les formats supportés sont:
L'import de fichier DXF et DWG se fait sans préciser la version du fichier à lire. BoA reconnaît directement le format de fichier s'il est supporté. Pour l'export, le choix de la version d'export est paramétrable par l'utilisateur. Le choix du type d'unité (unités métriques ou unités impériales) est également paramétrable.
BoA reconnaît tout les fichiers de type Architrion jusqu'à Architrion 5.8 et 5.9. Les types de fichiers reconnus sont les fichier 2D, les fichier 3D ainsi que les bibliothèque d'objets (huisseries, accessoires 2D, accessoires 3D). La reconnaissance du type d'un fichier Architrion se fait automatiquement a l'ouverture du fichier. La base de donnée stocké dans les fichiers Architrion étant différente de celle des fichiers BoA, un gestionnaire d'import Architrion permet de choisir les types d'objets importé et les paramètres correspondants.
Le format VRML (Virtual reality modeling) est un format 3D utilisable pour visualiser un fichier 3D dans un navigateur web. BoA exporte les fichier en VRML.
Une fonction de BoA permet d'exporter une image bitmap à partir de la fenêtre d'un document en cours d'utilisation. Par ailleurs il est aussi possible de faire une copie d'écran par une des commandes Pomme Shift 3 ou Pomme Shift 4, commandes standards sous Mac OS X.
BoA dispose d'une fonction en mini métré. Cette fonction exporte les donnée numériques liés a un projet 3D. Les données numériques sont exportées sous forme d'un fichier texte utilisable dans un traitement de texte ou un tableur.
Une mise en page (MEP) de BoA peut utiliser des fichiers PDF pour les visualiser à l'écran ou les imprimer. Le choix de ce type de fichier permet d'afficher n'importe quel document dans une MEP BoA. Il suffit pour cela de convertir un document en fichier PDF puis d'utiliser le PDF dans la MEP BoA. Cette opération est une commande standard sous Mac OS X, accessible à partir du dialogue d'impression.
Une vue 2D d'un fichier BoA peut être créée sous forme d'un fichier PDF à l'aide de la commande "Imprimer".
Une mise en page (MEP) de BoA peut utiliser des fichiers jpg pour les visualiser à l'écran ou les imprimer. Un tel fichier jpg peut provenir d'un logiciel de traitement d'image ou bien être issue directement d'un appareil photo numérique ou d'un scanner.
BoA utilise d'autres types de fichier pour des usages spécifiques :